חיזוק אזורי העדיפות בישראל - הנגב, הגליל וירושלים - נמצא כיעד בעדיפות עליונה בסוכנות היהודית. המחלקה לישראל פועלת למען חיזוק אזורים אלה באמצעות שתדלנות, סנגור, תכנון, הרחבת והעמקת המעורבות של יהדות העולם וישראלים.