לסוכנות היהודית אופי חוקי וציבורי-התנדבותי ייחודי בישראל ומעמדה מוגדר ב"חוק המעמד" (ראה נספח א). על פי חוק זה מכירה ממשלת ישראל בסמכות הסוכנות היהודית לפעול בישראל במספר תחומים. בין היתר, ניתנו לסוכנות היהודית הסמכות והכוח לפתח וליישב את המדינה, לקלוט עולים מן התפוצות ולתאם בין הפעילויות של ארגונים ומוסדות יהודיים שונים בישראל הפעילים בתחומים אלה.

ממשלת ישראל והסוכנות היהודית חתמו על אמנה המפרטת את מעמדה המיוחד של הסוכנות כלפי הממשלה. אחד ההיבטים הייחודיים של אמנה זו היה הקמתה של ועדת תיאום בה חברים נציגים משני הצדדים, שתפקידה לתאם במשותף את פעילויות הסוכנות היהודית וממשלת ישראל בתחומי הפעולה עליהם אחראית הסוכנות (ראה נספח ב). בראש ועדה זו עומדים יחדיו ראש ממשלת ישראל ויושב ראש הנהלת הסוכנות היהודית והיא מתכנסת שלוש פעמים בשנה בירושלים.

מעמדה המיוחד של הסוכנות היהודית בישראל וההיסטוריה הארוכה של שיתוף פעולה עם ממשלת ישראל, מקנים לה מקום מיוחד בחברה הישראלית לכל גווניה. באמצעות נציגיהם בסוכנות, שותפים יהודי העולם במערכת יחסים ייחודית זו של הסוכנות עם ישראל ובכך נוטלים חלק בהתפתחותה של החברה הישראלית.