הסוכנות היהודית היא שותפות גלובלית ייחודית שאינה דומה לכל ארגון אחר שאינו ממשלתי. השותפות היא בין שלושה גופים שונים: ההסתדרות הציונית העולמית, המגבית המאוחדת לישראל (UIA)/ איחוד הקהילות היהודיות (UJC) וקרן היסוד. הגופים המנהלים של הסוכנות היהודית, העצרת, חבר הנאמנים וההנהלה מורכבים מחברי כל אחד מהארגונים המרכיבים אותה. ייצוג רחב זה מבטיח כי יהודים ברחבי העולם מקבלים החלטות באופן קולקטיבי על תכנית העבודה של הסוכנות היהודית בתיאום ובהסכמתה של ממשלת ישראל.

בנוסף, פעולות רבות של הסוכנות היהודית מבוצעות לרוב בשיתוף פעולה עם שותפים אחרים בעולם, ביניהם משרדי ממשלה שונים בישראל, ממשלות זרות, גופים בינלאומיים לא ממשלתיים, מועצות מקומיות ואזוריות בישראל, ארגוני מתנדבים בישראל ובתפוצות, קרנות פילנתרופיות, מוסדות להשכלה גבוהה ומנהיגים מקרב המגזר הפרטי.

.